El departamento de Madre de Dios es conocido por su gran fauna, ya sea en distintos tipos de aves, felinos tales como el jaguar, el tigrillo propio de la selva, e incluso el puma. También están los lagartos, de color blanco y negro, los monos de distintas especies, y los peces que están en los caudalosos ríos. La Boa constrictora y la shushupe, son serpientes de la región y las más conocidas, la shushupe es la víbora venenosa más grande del mundo llegando a medir hasta 3,65m.
La Reserva Nacional del Manu, ubicada en Madre de Dios, es el hogar de la mayoría de la fauna de este departamento, alberga más de 159 especies de mamíferos, 99 de reptiles, 140 de anfibios, 800 de aves y 210 de peces, pero aún más importante son los insectos los cuales hay en cantidad e incluso ciertas especies solamente habitan en la Reserva Nacional del Manu, teniendo 1307 especies de mariposas, 300 de hormigas y 650 de abejas.
Los más representativos son el jaguar, el lobo de río y 14 tipos de monos como el leoncito, el más pequeño del mundo con solamente 100 g de peso y la maquisapa de 9 kg.
El Manu, alberga una cantidad sin fin de animales e incluso se piensa que existe una región a la cual todavía no han llegado los investigadores y en la cual podría haber muchísimos más animales que el mundo entero todavía no conoce.
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